Подозреваемые сотрудники управления «М» ФСБ, Сергей Манышкин и Алексей Царев, в ноябре 2023 года были арестованы по делу Merlion. Им предъявлено обвинение в планировании получения взяток на сумму более 5 млрд рублей. В настоящий момент они находятся под домашним арестом. Также в рамках этого дела был заочно арестован и объявлен в международный розыск следователь СУ по СЗАО ГСУ СКР по Москве Алексей Неснов, расследовавший покушение на бывшего гендиректора Merlion Вячеслава Симоненко.
В декабре 2020 года Константина Пономарева приговорили к 9 годам и 2 месяцам лишения свободы по обвинению в неуплате налогов в размере 9,7 млрд рублей, а также попытке хищения у «Кубаньэнерго» 5,4 млрд рублей. Суд удовлетворил гражданский иск ФНС России на сумму не уплаченных Пономаревым налогов и пени, которая составила около 12 млрд рублей.