Уголовное дело в отношении Мурышова было возбуждено 8 декабря 2022 года, когда в Москве задержали советника главы ООО «Агроменеджмент» Илью Окорокова. В его машине оперативники ФСБ обнаружили помеченные купюры примерно на 1,4 млн рублей. Задержанный заявил, что средства якобы передал бывший сослуживец генерала, уволенный из таможенных органов за какие-то злоупотребления. Предназначались они, по его словам, Дмитрию Мурышову.
Расследование в отношении генерала вело главное военное следственное управление СКР. В окончательной версии обвинения осталось лишь две взятки — на 700 тыс. и 1,4 млн рублей, хотя изначально их было четыре.
Защита Дмитрия Мурышова потребовала вернуть дело в прокуратуру из-за допущенных следствием нарушений при составлении обвинительного заключения, однако суд ходатайство отклонил.
В конце марта Delta.News рассказывал о задержании заместителя руководителя ФТС генерал-полковника Елены Ягодкиной. Ее подозревают в коррупционных преступлениях, связанных с вопросами определения товарной номенклатуры при начислении таможенных пошлин. Она находится под стражей.