Антимонопольщики возбудили дело против «Пассажиравтотранса» в мае 2017 года на основании заявлений ООО «СКСавто» , ООО «Вытегорское ПАТП» , АО «Совавто-С.Петербург» и еще двух индивидуальных предпринимателей. По информации полученной комиссией ФАС, ГУП, как владелец автовокзала, заключил с перевозчиками договоры на предоставление услуг продажи билетов на маршруты, а также на вокзальное и диспетчерское обслуживание. Однако суммы оплаты за услуги напрямую зависят от общей суммы выручки с продаж.

Таким образом получается, что при продаже одинакового количества билетов компании обслуживающие маршруты дальнего следования платят ГУПу больше, чем предприниматели осуществляющие перевозки меньшей протяженностью. По мнению УФАС, такое положение дел нарушает закон о защите конкуренции и выдали владельцу автовокзала предупреждение.

В августе 2018 года «Пассажиравтотранс» добился отмены этого предупреждения в арбитражном суде. Антимонопольщики дважды обжаловали это решение, но апелляционная и кассационная инстанции подтвердили правомерность действий предприятия.